2016年5月1日之前，相关法规对货物运输代理服务规定的较笼统，且交通运输业服务税率为11%，货物运输代理服务税率为6%，存在较大税率差。税制的“先天不足”造成国内货物运输代理服务“高扣低征”，由此增加了诸多税务风险。《财政部、国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）中，重新定义了货物运输代理服务，拆分成不同服务类型，适用不同税率。新规定对行业有何影响，能否破解“高扣低征”等难题，本文逐一展开分析。
【相关法规】
2013年8月1日，交通运输业和部分现代服务业营改增试点。
《财政部、国家税务总局关于在全国开展交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点税收政策的通知》（财税〔2013〕37号，全文废止）规定，货物运输代理服务指接受货物收货人、发货人、船舶所有人、船舶承租人或船舶经营人的委托，以委托人的名义或者以自己的名义，在不直接提供货物运输服务的情况下，为委托人办理货物运输、船舶进出港口、联系安排引航、靠泊、装卸等货物和船舶代理相关业务手续的业务活动。货物运输代理服务归类为“部分现代服务业—物流辅助服务”。
【相关法规】
2014年1月1日，铁路运输和邮政业营改增试点。
《财政部、国家税务总局关于将铁路运输和邮政业纳入营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2013〕106号，全文废止）继续沿用37号文件对货物运输代理服务的定义和归类，并规定试点纳税人提供知识产权代理服务、货物运输代理服务和代理报关服务，以其取得的全部价款和价外费用，扣除向委托方收取并代为支付的政府性基金或者行政事业性收费后的余额为销售额。同时，增加了国际货物运输代理服务的定义，引入了差额征税规定：试点纳税人中的一般纳税人提供国际货物运输代理服务，以其取得的全部价款和价外费用，扣除支付给国际运输企业的国际运输费用后的余额为销售额。由于试点纳税人提供的国际货物运输代理服务免征增值税，所以国际货物运输代理服务不存在“高扣低征”问题。
【案例1】
2016年5月1日前，甲公司（一般纳税人）委托乙货物运输代理公司（一般纳税人，以下简称乙公司）在国内运输一批货物，合同注明价税合计10万元。乙公司无运输工具，更无货物道路运输许可证等相关资质，不能按交通运输服务11%开具增值税专用发票，需再委托实际承运人丙运输公司（一般纳税人，以下简称丙公司）完成运输服务，支付8万元。乙公司只能就此业务按物流辅助服务开具税率为6%的增值税专用发票给甲公司，金额：10÷1.06＝9.43（万元）；税额：9.43×6%＝0.57（万元），而乙公司却能从丙公司取得按交通运输服务11%开具的增值税专用发票，金额：8÷1.11＝7.21（万元）；税额：7.21×11%＝0.79（万元）。此项业务乙公司销项税额0.57万元，进项税额0.79万元，留抵：0.79－0.57＝0.22（万元）。
财税〔2016〕36号文件再出新招其实是对37号文件、106号文件界定为“部分现代服务业—物流辅助服务”的货物运输代理服务做了重新定义，“拆分”成两项服务，即，货物运输服务归为“交通运输服务—无运输工具承运业务，税率11%”、代理服务归为“现代服务—商务辅助服务—经纪代理服务，税率6%”，一直困扰征纳双方的国内货物运输代理服务“高扣低征”问题得到解决。
【相关法规】
2016年5月1日，全面推开营业税改征增值税试点，建筑业、房地产业、金融业、生活服务业等全部营业税纳税人，纳入试点范围。
财税〔2016〕36号文件中增加了无运输工具承运业务的定义，无运输工具承运业务是经营者以承运人身份与托运人签订运输服务合同，收取运费并承担承运人责任，然后委托实际承运人完成运输服务的经营活动。无运输工具承运业务按照交通运输服务（税率11%）缴纳增值税；将货物运输代理服务归类为“现代服务－商务辅助服务－经纪代理服务（税率6%）”，并重新做了定义：货物运输代理服务是接受货物收货人、发货人、船舶所有人、船舶承租人或者船舶经营人的委托，以委托人的名义，为委托人办理货物运输、装卸、仓储和船舶进出港口、引航、靠泊等相关手续的业务活动。
【案例2】
2016年5月1日后，甲公司委托乙公司运输一批货物，合同价税合计10万元：其中约定运输业务价税合计9万元，代理业务价税合计1万元。乙公司须再委托实际承运人丙公司完成运输服务，支付8万元。根据财税〔2016〕36号文件规定，乙公司就其运输业务按交通运输服务开具税率为11% 的增值税专用发票给甲公司。其中，金额：9÷1.11＝8.11（万元），税额：8.11×11%＝0.89（万元）；就代理业务按商务辅助服务开具税率为6%的增值税专用发票给甲公司。其中，金额：1÷1.06＝0.94（万元）、税额：0.94×6%＝0.06（万元）；而乙公司可从丙公司取得按交通运输服务11%的税率开具增值税专用发票。其中，金额：8÷1.11＝ 7.21（万元）、税额：7.21×11%＝0.79（万元）。此项业务乙公司销项税额：0.89＋0.06＝0.95（万元），进项税额 0.79 万元，应纳增值税0.95－0.79＝0.16（万元）。
财税〔2016〕36号文件的出台，能够破解行业“高扣低征”的难题，但从案例2不难看出，乙公司仍可通过降低运输收入、提高代理收入来达到少缴税款的目的。要根本解决问题，还需进一步完善税制，简并税率，降低不同行业税率差，才能在真正意义上解决多档税率带来的“高扣低征”等难题，有效发挥增值税的中性原则，体现税制的公平和效率。
