自今年初以来，全国税务机关普遍加大了对土地增值税清算稽查力度，为了进一步做好土地增值税清算工作，日前国家税务总局下发了《关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函[2010]220号），明确了八个方面的问题。
一、关于土地增值税清算时收入确认的问题
国家税务总局第一次对土地增值税清算时的收入做了具体的界定：已全额开具商品房销售发票的，按照发票所载金额确认收入；未开具发票或未全额开具发票的，以交易双方签订的销售合同所载的售房金额及其他收益确认收入。销售合同所载商品房面积与有关部门实际测量面积不一致，在清算前已发生补、退房款的，应在计算土地增值税时予以调整。充分体现了了销售合同在确认收入中的重要性。
但国税函[2010]220号没有明确未开具发票或未全额开具发票，未签订的销售合同的如何界定收入。笔者认为：对未全额开具发票，且未签订销售合同的，按《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发[2006]187号）第三条第（一）款规定确认土地增值税清算时收入（即按本企业在同一地区、同一年度销售的同类房地产的平均价格确定）。对未开具发票，未签订销售合同的有两种情况：一种是未开具发票，未签订销售合同但实际已投入使用的，也应《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发[2006]187号）第三条第（一）款规定确认土地增值税清算时收入（即按本企业在同一地区、同一年度销售的同类房地产的平均价格确定）；对未开具发票，未签订销售合同但实际未投入使用的，应不确认收入的实现（这样处理亦和国税发[2009]31号文件相附），待实际投入使用时再按上述办法确认收入。
另外，笔者认为：对销售合同所载商品房面积与有关部门实际测量面积不一致，在清算后发生补、退房款的，应重新计算土地增值税，多退（或抵）少补。
二、房地产开发企业未支付的质量保证金，其扣除项目金额的确定问题
国税函[2010]220号文开先河地对未支付的质量保证金的扣除问题进行了明确：房地产开发企业在工程竣工验收后，根据合同约定，扣留建筑安装施工企业一定比例的工程款，作为开发项目的质量保证金，在计算土地增值税时，建筑安装施工企业就质量保证金对房地产开发企业开具发票的，按发票所载金额予以扣除；未开具发票的，扣留的质保金不得计算扣除。
词条的文字表述实在绕人，初看会让人摸不着头脑。实际此条就是要表述：建筑安装成本未取得发票部分不得扣除。
对照第一条，此条也充分体现了征纳双方地位的不对等和税务机关的“以票控税”手段。因此，房地产企业要协调好与建筑安装企业的关系，尽量能取得建安成本的全额发票。
三、房地产开发费用的扣除问题
国税函[2010]220号文第（一）款、第（二）款规定：
（一）财务费用中的利息支出，凡能够按转让房地产项目计算分摊并提供金融机构证明的，允许据实扣除，但最高不能超过按商业银行同类同期贷款利率计算的金额。其他房地产开发费用，在按照“取得土地使用权所支付的金额”与“房地产开发成本”金额之和的5%以内计算扣除。
（二）凡不能按转让房地产项目计算分摊利息支出或不能提供金融机构证明的，房地产开发费用在按“取得土地使用权所支付的金额”与“房地产开发成本”金额之和的10%以内计算扣除。
全部使用自有资金，没有利息支出的，按照以上方法扣除。
上述具体适用的比例按省级人民政府此前规定的比例执行。
这里的“全部使用自有资金，没有利息支出的，按照以上方法扣除”应指：房地产开发费用，按照“取得土地使用权所支付的金额”与“房地产开发成本”金额之和的5%以内计算扣除。
（三）房地产开发企业既向金融机构借款，又有其他借款的，其房地产开发费用计算扣除时不能同时适用本条（一）、（二）项所述两种办法。
因此，房地产企业应将金融机构借款和其他借款的利息单独核算，就向金融机构借款的利息按（一）、（二）项所述两种办法处理。
（四）土地增值税清算时，已经计入房地产开发成本的利息支出，应调整至财务费用中计算扣除。
会计准则中关于借款费用资本化的原则不适用于土地增值税清算，对于已经计入房地产开发成本的利息支出，土地增值税清算时应调整至财务费用中计算扣除。土地增值税中利息支出处理原则与会计核算、企业所得税处理有很大区别。
四、房地产企业逾期开发缴纳的土地闲置费的扣除问题
房地产开发企业逾期开发缴纳的土地闲置费不得扣除。
此条的立法精神是由纳税人负担的费用不得转嫁给国家负担。这也和企业所得税对土地闲置费的处理不同，国税发[2009]31号文件明确规定土地闲置费可以据实扣除。
五、房地产开发企业取得土地使用权时支付的契税的扣除问题
房地产开发企业为取得土地使用权所支付的契税，应视同“按国家统一规定交纳的有关费用”，计入“取得土地使用权所支付的金额”中扣除。
其实，这个问题是很明了的事。
六、关于拆迁安置土地增值税计算问题
拆迁安置收入、成本的确认一直受到业内人士及纳税人的热切关注，并无统一的处理办法，国税函[2010]220号文给出了以下便于操作的处理办法：
（一）房地产企业用建造的本项目房地产安置回迁户的，安置用房视同销售处理，按《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发[2006]187号）第三条第（一）款规定确认收入（即按本企业在同一地区、同一年度销售的同类房地产的平均价格确定），同时将此确认为房地产开发项目的拆迁补偿费。房地产开发企业支付给回迁户的补差价款，计入拆迁补偿费；回迁户支付给房地产开发企业的补差价款，应抵减本项目拆迁补偿费。
（二）开发企业采取异地安置，异地安置的房屋属于自行开发建造的，房屋价值按国税发[2006]187号第三条第（一）款（即按本企业在同一地区、同一年度销售的同类房地产的平均价格确定）的规定计算，计入本项目的拆迁补偿费；异地安置的房屋属于购入的，以实际支付的购房支出计入拆迁补偿费。
（三）货币安置拆迁的，房地产开发企业凭合法有效凭据计入拆迁补偿费。
文中对货币安置拆迁补偿费的扣除凭据笼统地归结为“合法有效凭据”的套话，笔者认为此处的合法有效凭据是：由被拆迁方签字的收据和拆迁补偿协议。
七、关于转让旧房准予扣除项目的加计问题
《财政部国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》（财税[2006]21号）第二条第一款规定“纳税人转让旧房及建筑物，凡不能取得评估价格，但能提供购房发票的，经当地税务部门确认，《条例》第六条第（一）、（三）项规定的扣除项目的金额，可按发票所载金额并从购买年度起至转让年度止每年加计5%计算”。计算扣除项目时“每年”按购房发票所载日期起至售房发票开具之日止，每满12个月计一年；超过一年，未满12个月但超过6个月的，可以视同为一年。
超过一年，未超过6个月的部分就不能计算在内，只能按整年计算。
八、土地增值税清算后应补缴的土地增值税加收滞纳金问题
纳税人按规定预缴土地增值税后，清算补缴的土地增值税，在主管税务机关规定的期限内补缴的，不加收滞纳金。
未在主管税务机关规定的期限内补缴土地增值税的，应从主管税务机关规定的补缴期满的次日开始计算滞纳金。
