建筑业的差额征税是原先营业税时代，建筑行业重要的流转税政策。严格来看，建筑业改为增值税后，按照一般征收的原则，应该不需要保留差额征税的政策，直接按销项税-进项税即可。但是，基于如下几方面原因，营改增后，建筑行业在增值税下仍存在如下几种情况下的简易征税（类似营业税总额征税的方法），因此，差额征税政策仍然需要保留：
1、开工日期在2016年5月1日前建筑工程老项目；
2、新项目中的甲供工程；
3、新项目中的清包工；
4、建筑工程总承包单位为房屋建筑的地基与基础、主体结构提供工程服务，建设单位自行采购全部或部分钢材、混凝土、砌体材料、预制构件的，适用简易计税方法计税；
5、除此之外，无论是建筑业一般计税，还是简易计税，如果属于异地工程需要在外地预缴增值税时，也涉及到差额后预缴问题，即建筑业异地预缴，需要按照其取得全部价款和价外费用减去支付的分包款，分别按2%（一般计税）或3%（简易计税）在异地预缴增值税。
这次的31号公告进一步明确了建筑业分包差额征税的扣除问题，即：
纳税人提供建筑服务，按照规定允许从其取得的全部价款和价外费用中扣除的分包款，是指支付给分包方的全部价款和价外费用。
而总局针对31号公告的解读中，进一步说明了出台这条规定的原因实际上主要就是要解决建筑业增值税分包差额征税中，货物价款能否扣除的问题。
实际上，这个问题在原先营业税下就一直存在，《国家税务总局关于纳税人销售自产货物提供增值税劳务并同时提供建筑业劳务征收流转税问题的通知》（国税发[2002]117号）专门就明确过这个问题。后期这条规定被纳入了2009年修订实施的《增值税暂行条例实施细则》和《营业税暂行条例实施细则》中，同时，国家税务总局在2011年又专门出台了13号公告明确了其中的一些操作细则。
营改增后，对于建筑业增值税差额征税中涉及货物价款扣除的问题一直没有明确，各地征管执行口径不一，终于总局在2019年31号公告中明确了。不过对照过往政策，31号公告写得比较简单，我们认为，实际执行又应该要把握如下几方面问题：
一、货物差额扣除不仅适用于简易计税也适用于异地预缴
我们前面就分析过，在增值税一般征收中不涉及差额征税，只有在简易计税中才涉及差额。而在建筑异地工程的预缴机制中，则不管是一般计税还是简易计税，都涉及到差额预缴的问题。我们认为，31号公告中关于差额征税中，可以扣除支付给分包方的价款包括货物价款，应该不仅包括简易计税方法，还包括一般计税中异地预缴中的差额预缴。这个问题江苏省税务局是非常明确的。早在总局2019年31号公告出台之前，乃至国地税合并前，江苏省国税局就出台了《江苏省国税局关于建筑服务增值税差额扣除有关问题的处理意见》，其中就明确了分包货物价款的扣除问题。该处理意见中明确规定了简易计税的差额和异地预缴的差额中，都允许扣除支付给分包方的货物款项。
二、施工企业自购货物、设备租赁款能否差额扣除
很多人在争议第二个问题，就是施工企业差额征税时，能否扣除自己采购的货物或者设备租赁款。我们认为，这个争议是没有把握31号公告的精神导致的。31号公告中讲的差额扣除是指支付给分包方的分包款，即这里涉及的货物的差额扣除必须是建筑分包合同中涉及的货物。
对比营业税的规定，实际上销售自产货物提供建筑劳务分别征税，原先都是强调一点即分包方必须“建设行政部门批准的建筑业施工（安装）资质”。如果31号公告中也包含这条规定的话，这类争议应该就不会发生了。因为如果是施工企业自购货物或租赁设备，下游的货物销售方和设备租赁方并无建筑施工资格，和施工企业签订的也不是建筑分包合同，也就不涉及差额扣除问题了。
而真正麻烦的问题在于分包方和总包方开票和总包方和建设单位开票之间的差异，从而导致差额征税与进项抵扣的重叠问题，这个问题在EPC工程和类似其他交钥匙工程中很常见：
在EPC工程和交钥匙工程中，往往是设备、安装和土建工程结合在一起。此时，总包方会将专业工程分包。但是，在实际开票中会出现两种情况：
第一种情况就是分包方分别就设备和建安给总包方开具了货物销售发票+建筑安装发票。但是，总包方就这部分最终给建设单位开票的时候直接就含在建筑业总价款中开具的建筑安装发票。此时，如果整个建安工程选择的是一般征收，总包方在异地就分包工程差额预缴增值税时，就应该按扣除货物和建安分包的价款差额。如果整个建筑工程选择的是简易征收，则总包方无论是异地预缴还是最后差额纳税，也是扣除分包方货物和建安分包款。
第二种情况是分包方分别就设备和建安给总包方开具了货物销售发票+建筑安装发票。但是，总包方最终给建设单位开票时，就分包方给总包方的这部分货物（主要是设备）也是单独开具的货物发票给建设单位，剩余的开具了建筑安装发票给建设单位。这种情况下，实际上对于分包方货物价款部分，总包方是按货物转售方式和建设单位结算了。此时，如果整个建安工程选择一般征收，总包方异地预缴增值税差额扣除时，就只应该扣除建安价款，不能扣除货物价款。如果整个建筑工程选择是简易征收，无论是异地预缴还是最终差额纳税，扣除的也只能是分包方的建安价款，而不能包括货物价款。
这一点江苏省国税已经注意到了。在《江苏省国税局关于建筑服务增值税差额扣除有关问题的处理意见》中有规定：总包方取得分包方开具的增值税专用发票，并且已经按照36号文规定的差额扣除计算销售额政策申报缴纳增值税的，不得就同一张发票重复计算进项税抵扣。
这个实际征管其实是很难区分的。因为在很多EPC工程和交钥匙工程中，总包方既有自行的设备采购和安装，也有专业工程分包。分包方和总包方开具货物票+建安票的情况下，总包方也会给建设单位开货物票+建安票。但总包方给建设单位开的货物票有可能是自己采购的设备，也可能包含分包方给总包方开的货物票进行按转售处理的货物。
那如何进行有效区分呢？一个可行的征管办法是，对于分包中涉及的货物发票，必须在货物发票的备注栏中注明“建筑劳务发生地所在县（市、区）和项目名称”，这样才能和总包方与建设单位的结算中进行比对管理，查看总包方对于这部分备注“建筑劳务发生地所在县（市、区）和项目名称”货物销售发票，最终是开具建筑安装发票给建设单位还是开具的货物销售发票给建设单位，如果对应分包方开给总包方的这部分货物发票，总包方是按转售开具同样的货物发票给建设单位的，则这部分货物发票是不能差额扣除的。
这种做法我们看到在青岛、江苏国税的相关征管意见中已经有明确，这种做法也是完全必要的。
三、分包差额扣除是否一定要把握合法性问题
这个问题实际上在原先营业税下就存在。第一个就是分包工程中是否和过去一样强调分包方必须具有建筑业施工（安装）资质。如果分包方没有建筑业施工（安装）资质，但开出来了建筑安装发票，能否差额扣除。其次就是违法分包（转包）能否差额扣除。按照《建筑法》规定，建筑工程总承包单位可以将承包工程中的部分工程发包给具有相应资质条件的分包单位，且禁止分包单位将其承包工程再分包。如果实践中出现了违法分包或转包的情形，能否给予增值税分包差额扣除，这个也是原先营业税一直有争议的，这个问题在增值税下继续存在。鉴于各个部门都有自己的职责范围，税务机关不应自行认定违法分包或转包而否定纳税差额扣除税收待遇。即使相关建筑主管部门认定了违法分包、转包的，如果过往合同已经履行的，我们也不建议去否定纳税人的差额征税待遇，毕竟税法并没强调违法分包、转包不能差额扣除。
