目前，把从事大物件、多数量运输业务的企业称为物流企业；把从事小物件运输的企业称为快递企业，有的干脆把二者统称为物流企业。营改增后，规范了物流企业的税收征管，进一步推动了物流行业的发展。然而在落实税收政策的同时，笔者发现物流企业存在三个管理难点。
难点一：运费当作物流辅助服务难以把关
按理说，物流主要从事运输业，一般不收货或送货上门，收取的费用理应开具运输业发票，但少数物流企业未执行现行税收政策，有意混淆是非，故意将运输费用当作物流辅助服务费，并按6%税率申报缴纳物流辅助服务的增值税，并没有按适用税率申报缴纳交通运输业的增值税。
造成上述情况的主要原因：
一是发货人或收货人没有话语权，被迫接受其开具的物流辅助服务发票。
二是发货人或收货人不懂税收政策，认为走物流都是小额运输，需要物流公司集中配货运输，有一定的物流辅助服务，开具物流辅助服务发票也可以。
三是走物流的金额相对较少，对企业的税负影响不大。
四是有些客户根本不索取发票。
由于上述原因，给物流企业偷逃税提供了方便，并且运输耗用的进项税额也可以抵扣，即使外包运输形成“无运输工具承运业务”，也能索取运输业增值税专用发票抵扣税金，服务业出现了“高抵低征”的怪现象，并有留抵税额，还助长了虚开增值税专用发票的行为。
难点二：收件、派件费与运费划分比例难
一般而言，快递公司主要业务为分拣包装、城际运输、同城快递等。有城际运输的，其运费应该占公司业务的大部分。但目前，大部分快递公司将收取的邮费进行纳税申报时，通常是多申报收件及派件收入，少申报运输收入，加上客户多为个人，不需要抵扣税款，即使需要抵扣的商户也因话语权弱，索取不到运费项目发票，或者索取的物流辅助发票金额比运费发票金额大得多。
难点三：网络化经营数据难以利用
目前，国内一些快递公司多数采用加盟方式，通常是公司总部投入总仓、分拨中心、干线运输、市场推广、运营管理、网络平台等资源，而派件、收件业务则全部或部分由加盟个体户负责。由于现行的征管范围是以县（市）为单位的，这意味着个体户加盟商为独立的增值税纳税人。
由于跨区域的快递业务分为收件、运输、派件等三个业务流程，至少需要三个纳税人协作完成，而费用则是由收件方一次性收取的，如按照现行的增值税政策规定，则收件方收取的费用有两种方法处理：
一种依据《营业税改征增值税试点实施办法》（财税［2016］36号）第三十七条第二项规定，以委托方名义开具发票代委托方收取的款项不作为销售额（尽管此款项有争议，认为只适用银行业收取水、电、气等费用，但按法无禁止即可为的原则，此款项也适用于用其它行业），不过，收件方可不作为销售额，但快递总公司却要作为收入，并且需要结算给派件方。由于派件方的纳税人身份问题，或者选择简易计税办法计税，会导致派件费抵扣不足或无法抵扣。
也许有人认为，派件费无法抵扣或抵扣不足，何不由收件方也以派件方名义开具发票代派件方收取款项就行了，这种观点没有考虑派件方数量多，并且收件方根本不知道派件方的信息，加上开具发票的工作量比较大，以派件方名义开具发票代为收取款项确实难以操作。
第二种办法，运用增值税抵扣链条结算费用，也会因纳税人身份问题，或者选择简易计税办法计税，按此办法执行时要么抵扣不足要么无法抵扣。由于快递公司统一收费，其税负会比较高，因此，快递公司为了降低税负只能采用非正规办法操作。最简单的方法就是统一网络化收费，然后比照物流企业的办法，多申报物流辅助服务少申报运输收入，通过调整收入比例来逃税。此外，还可以直接由快递总公司通过网络化进行分配收件、派件收入。由于快递公司网络化经营，导致收、派件纳税人所在地税务机关无法掌握快递公司的销售额，给加盟个体户的税收征管工作带来了挑战。
鉴于物流企业存在诸多税务风险，笔者提出以下建议：
一是加强税收政策宣传，特别是加强对物流企业的税收宣传，严格按照合同开具发票，绝不能把运输当作物流辅助服务开具发票，如开具成物流辅助服务发票就是涉嫌虚开发票。
二要求企业严格按照明码标价的收费项目，进行账务处理及纳税申报。
三是要打破现有的征管格局及财政分成方式，实行由非直营快递企业总公司统一纳税政策。
理由是非直营快递总公司掌握着全部的收入数据，包括加盟商的营业额数据，完全有能力申报缴纳增值税。统一纳税后，一方面可以减少企业内部相互开具增值税专用发票；另一方面收、派送业务采用简易计税办法计税，避免增值税抵扣链条断裂。
与此同时，税务机关还应强化纳税评估，加强与电商平台的合作，充分挖掘涉税物流信息。定期进行纳税评估，比对收入信息，核对纳税人申报情况，对申报不实的应税项目要及时处理。问题严重的，要移交税务稽查部门进行处理。此外，还应加强对增值税政策的宣传，提高纳税人的税收遵从度，建立增值税操作指引，完善增值税发票的使用开具，加强对企业税务风险的布控，规范纳税人正确进行税务处理。
