国家税务总局广东省税务局关于发布《国家税务总局广东省税务局土地增值税清算管理规程》的公告
国家税务总局广东省税务局公告2019年第5号 2019-06-28
为了加强土地增值税征收管理服务，规范清算工作流程，统一清算工作标准，实现清算管理一体化，国家税务总局广东省税务局制定了《国家税务总局广东省税务局土地增值税清算管理规程》，现予以发布，自2019年7月1日起施行。
特此公告。
国家税务总局广东省税务局
2019年6月28日
国家税务总局广东省税务局土地增值税清算管理规程
第一章 总则
第一条 为了加强土地增值税征收管理服务，规范清算工作流程，统一清算工作标准，实现清算管理一体化，根据《中华人民共和国税收征收管理法》及其实施细则、《中华人民共和国土地增值税暂行条例》及其实施细则、《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发[2006]187号）、《国家税务总局关于印发〈土地增值税清算管理规程〉的通知》（国税发[2009]91号）、《国家税务总局关于进一步深化税务系统“放管服”改革优化税收环境的若干意见》（税总发[2017]101号）等规定，制定本规程。
第二条 本规程适用于房地产开发项目及直接转让国有土地使用权的土地增值税清算工作。
第三条 本规程所称土地增值税清算，是指纳税人符合土地增值税清算条件后，依照税收法律、法规及有关政策规定，计算应当缴纳的土地增值税税额，并填写《土地增值税纳税申报表》，向主管税务机关提供有关资料，办理土地增值税清算手续，经税务机关审核后，结清土地增值税税款的行为。
第四条 土地增值税清算主体是土地增值税的纳税人，税务机关负责土地增值税的受理和审核。
第五条 税务机关应当加强与同级财政、发改、住建、自然资源等部门的信息交换协作，充分利用第三方信息，强化土地增值税清算管理。
税务机关可聘请税务师事务所、会计师事务所、律师事务所、工程造价等涉税服务机构及相关专业人员参与土地增值税清算审核。
税务机关可参照当地工程造价指标，结合市场因素，确定前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、开发间接费用的土地增值税扣除项目金额标准。
第六条 纳税人符合下列条件之一的，应进行土地增值税清算：
（一）房地产开发项目全部竣工、完成销售的；
（二）整体转让未竣工决算房地产开发项目的；
（三）直接转让土地使用权的；
（四）申请注销税务登记但未办理土地增值税清算手续的。
第七条 对符合以下条件之一的，主管税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算：
（一）已竣工验收（备案）的房地产开发项目，已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例（以下简称“销售比例”）在85%以上，或该比例虽未超过85%，但剩余的可售建筑面积已经出租或自用的；
（二）取得清算项目最后一份销售（预售）许可证满三年仍未销售完毕的；
（三）主管税务机关有根据认为纳税人有逃避纳税义务行为，可能造成税款流失的。
第八条 纳税人应如实申报缴纳土地增值税，保证清算申报的真实性、准确性、完整性、合理性和相关性。
第九条 税务机关应为纳税人提供优质纳税服务，加强土地增值税政策宣传辅导，及时对纳税人清算申报的收入、扣除项目金额、增值额、增值率以及应补（退）税额等情况进行审核，依法征收土地增值税。
第二章 集中清算分段审核
第十条 土地增值税清算审核应遵循规范统一、透明高效的原则，建立相互监督、相互制约的工作机制，形成分工明确、责任清晰、衔接高效的审核工作链条。
第十一条 税务机关原则上采取“集中清算、分段审核”的方式开展土地增值税清算审核。
第十二条 “集中清算”是指县（区）级以上税务机关集中系统内专业人才，成立项目清算审核组，统筹对辖区内房地产项目进行清算审核。
“分段审核”是指项目清算审核组内设收入审核和成本审核等若干小组，对销售收入、土地成本、开发成本、开发费用、税金等进行专业审核。
第十三条 审核人员各司其职，各负其责，按照统一的审核流程和审核指引开展清算审核，形成标准化、模板化、流程化的清算审核工作闭环。
第十四条 省、市、县（区）税务机关分别组建土地增值税清算人才库。人才库从本级机关和基层推荐选拔产生，应涵盖法规、税政、征管等专业人才。项目清算审核组人员从人才库中随机抽选。
第十五条 主管税务机关受理纳税人土地增值税清算资料后，向项目清算审核组移交项目清算资料。项目清算审核组审核完毕后，向主管税务机关移交工作底稿和清算审核材料，主管税务机关在规定的期限内完成审核结果确认、与纳税人交换意见、清算结论出具等工作。
第三章 项目管理
第十六条 主管税务机关应加强房地产开发项目的日常税收管理，建立台账，通过土地增值税管理系统实施项目管理，对房地产开发全过程实行跟踪监控，做到税务管理、纳税服务与项目开发同步。项目管理信息主要包括：
（一）取得土地、立项与规划环节
1.土地权属证书、出让（转让）合同或其它相关资料；
2.立项批准或备案文件、建设用地规划许可证、建设工程规划许可证等。
（二）项目工程施工环节
1.预算书、施工合同及补充协议等；
2.工程施工许可证；
3.招标的项目需提供中标通知书。
如项目的建筑工程、安装工程、室外配套工程、其它工程出现特殊情况可能导致工程造价高于当地扣除项目金额标准的，提供说明其合理性的相关佐证资料，例如工程施工图、竣工图、工程量清单、材料苗木清单（总平面乔灌木配置图）等。
（三）销售（预售）商品房环节
1.销售（预售）许可证；
2.月度销售明细表。
（四）项目竣工验收备案环节
1.政府主管部门出具的规划、人防、竣工综合验收等备案资料；
2.工程竣工图、工程结算书电子文档；
3.工程造价数据采集信息。
（五）取得房地产权属证明环节
1.房屋测量成果资料；
2.初始产权登记资料。
（六）其它资料
如工程规划、设计、勘察、监理合同，拆迁（回迁）合同，签收花名册等资料。
税务机关已通过政府部门信息共享获取上述项目资料的，无需纳税人报送；暂未实现政府部门信息共享的，由纳税人在取得相关资料30日内通过土地增值税管理系统报送。
第十七条 各级税务机关应大力提升土地增值税管理的信息化水平，应用土地增值税管理系统，及时跟踪、了解项目的进展情况，辅导纳税人做好信息录入工作。
主管税务机关应在前期工程阶段、土建施工阶段、装饰装修阶段、园林绿化阶段四个工程节点向纳税人了解掌握工程进展情况，将工程造价可能出现的涉税风险与纳税人充分沟通，做好纳税辅导，并记录备查。
第十八条 主管税务机关应重视纳税人项目开发期间的会计核算工作。对纳税人分期开发项目或者同时开发多个项目的，辅导纳税人根据清算要求合理归集收入、成本、费用。
第四章 清算申报受理
第十九条 土地增值税以房地产主管部门审批、备案的房地产开发项目为单位进行清算。对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算。具体结合项目立项、用地规划、方案设计审查（修建性详细规划）、工程规划、销售（预售）、竣工验收等确定。
同一个项目既建造普通住宅，又建造其他类型房地产的，应分别计算增值额、增值率，分别清算土地增值税。
第二十条 主管税务机关应对土地增值税清算项目实行分类管理。
对符合本规程第六条规定的项目，纳税人应当在满足条件之日起90日内向主管税务机关办理清算申报手续。
对符合本规程第七条规定的项目，主管税务机关应加强跟踪管理，定期评估,对确定需要进行清算的项目，及时下达清算通知。对销售比例达到85%且满三年或者虽未满三年但销售比例达到95%的项目，主管税务机关原则上应在符合条件之日起60日内下达清算通知，纳税人应在收到清算通知之日起90日内办理清算申报手续。
第二十一条 纳税人在办理土地增值税清算申报手续时，应提供下列资料：
（一）土地增值税纳税申报表及其附表。
（二）与清算项目有关的书面说明及相关佐证资料，主要内容应包括房地产开发项目立项、用地、容积率、分期开发情况、成本费用的计算和分摊方法、销售、关联方交易、融资、不同类型房产的销售均价、房地产清算项目税款缴纳等基本情况及主管税务机关需要了解的其它情况。具体内容应包括：
1.项目总建筑面积、可售建筑面积及其具体构成情况、非可售建筑面积及其具体构成情况等说明。
2.对纳税人分期开发项目或者同时开发多个项目的，应说明共同成本费用总额及其分摊情况。
3.对纳税人开发项目中的公共配套设施，应按照建成后产权属于全体业主所有、无偿移交给政府或公用事业单位、自用或有偿转让进行分项分类说明，并附上相关凭证。
4.将开发产品用于职工福利、奖励、对外投资、分配给股东或投资人、抵偿债务、换取其他单位和个人的非货币性资产的情况说明。
5.涉及减免税的，应对项目涉及的减免税情况进行说明。
6.关联交易情况说明。
7.融资情况说明。
8.企业财务核算体系和内部控制制度。
9.工程造价高于当地扣除项目金额标准的，应向主管税务机关报送造价书面说明等资料。
（三）主管税务机关要求报送项目会计资料的，还应提供会计凭证资料。
（四）纳税人可自愿委托涉税专业服务机构代理申报、审核鉴证；已委托涉税专业服务机构代理申报、审核鉴证的纳税人，应报送涉税专业服务机构出具的报告。
（五）纳税人如未按本规程第十六条规定报送相关资料的，应一并补正。
第二十二条 主管税务机关收到纳税人清算资料后，对符合清算条件的项目，且报送的清算资料完备的，予以受理并出具受理通知书。
纳税人符合清算条件，但报送的清算资料不全的，主管税务机关应发出限期提供资料通知书，通知纳税人在收到通知书之日起15日内补齐清算资料。
纳税人在限期内补齐全部资料的，予以受理。
在限期内补齐确定收入、扣除项目金额的关键资料，经主管税务机关认可的，予以受理。
逾期未能补齐关键资料，由纳税人书面确认，经主管税务机关调查取证，确因客观原因造成资料难以补齐的，予以受理。
第五章 清算审核重点
第二十三条 清算审核包括案头审核、实地审核。
案头审核是指对纳税人报送的清算资料进行数据、逻辑审核，重点审核项目归集的一致性、完整性和数据计算准确性等。
实地审核是指在案头审核的基础上，通过对房地产开发项目实地查验等方式，对纳税人申报情况的客观性、真实性、合理性、相关性进行审核。应结合项目立项、规划、施工资料，重点实地查核项目的楼栋、道路、挡土墙、绿化、学校、幼儿园、会所、体育场馆、酒店、车位等的工程量，确定学校、幼儿园、会所、体育场馆、酒店、车位等的产权归属。
第二十四条 审核收入情况时，应重点审核纳税人预售款和相关的经济收益是否全部结转收入以及销售价格是否明显偏低。应结合销售发票、销售合同（含主管部门网上备案登记资料）、销售（预售）许可证、房产销售分户明细表及其它有关资料，重点审核销售明细表、房地产销售面积与项目可售面积的数据关联性，以核实计税收入；对销售合同所载商品房面积与有关部门实际测量面积不一致，而发生补、退房款的收入调整情况进行审核；对营改增后应税收入是否不含增值税进行审核。
税务机关可通过实地查验，确认是否少计、漏计事项，确认是否将开发产品用于职工福利、奖励、对外投资、分配给股东或投资人、抵偿债务、换取其他单位和个人的非货币性资产等情况。
对纳税人转让房地产成交价格明显偏低且无正当理由的，按该项目同期同类房地产的平均价格或评估价值确定其收入。
第二十五条 非直接销售和自用房地产的收入审核。
（一）房地产开发企业将开发产品用于职工福利、奖励、对外投资、分配给股东或投资人、抵偿债务、换取其他单位和个人的非货币性资产等，发生所有权转移时应视同销售房地产,其收入按下列方法和顺序确认：
1.按本企业在同一地区、同一年度销售的同类房地产的平均价格确定；
2.参照当地当年、同类房地产的市场价格或评估价值确定。
（二）房地产开发企业将开发的部分房地产转为企业自用或用于出租等商业用途时，如果产权未发生转移，不征收土地增值税，不列收入，不扣除相应的成本和费用。
第二十六条 土地增值税扣除项目审核的内容包括：
（一）取得土地使用权所支付的金额。
（二）房地产开发成本，包括：土地征用及拆迁补偿费、前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、公共配套设施费、开发间接费用。
（三）房地产开发费用。
（四）与转让房地产有关的税金。
（五）国家规定的其他扣除项目。
第二十七条 纳税人办理土地增值税清算所附送的前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、开发间接费用的凭证资料不符合清算要求或不实的，主管税务机关应发出交换意见的税务事项通知书，通知纳税人在收到通知书之日起15日内回复意见、提交证据。主管税务机关应充分听取纳税人的意见，对纳税人提供的事实、证据予以复核，必要时引用第三方专业机构意见，经主管税务机关会同项目清算审核组集体审议后，认为事实不清、证据不足的，参照土地增值税扣除项目金额标准据以计算扣除，并发出核定征收的税务事项通知书。
凭证资料不符合清算要求或不实是指存在下列情形之一：
1.不能完整提供工程竣工、工程结算、工程监理等方面资料的，或未按国家有关规定、程序、手续进行工程结算的；
2.工程结算项目建安造价高于当地扣除项目金额标准无正当理由的；
3.挡土墙、桩基础、户内装修、玻璃幕墙、干挂石材、园林绿化等工程不能提供完整的工程施工图、竣工图、工程量清单、材料苗木清单（总平面乔灌木配置图）的；
4.房地产开发企业与工程承包企业互为关联企业，建安造价高于当地扣除项目金额标准的；
5.大额工程款采取现金支付或支付资金流向异常的。
第二十八条 审核扣除项目是否符合下列要求：
（一）扣除项目金额应当准确地在各扣除项目中分别归集，不得混淆。
（二）扣除项目金额中所归集的各项成本和费用，必须是在清算项目开发中直接发生的或应当分摊的。
（三）同一清算单位内发生的成本、费用，能按照受益对象直接归集的，按照直接成本法计入相应房地产类型扣除；不能按照受益对象直接归集的成本、费用，原则上按照不同类型房地产可售建筑面积比例计算分摊；对占地相对独立的不同类型房地产，可按占地面积法计算分摊取得土地使用权所支付的金额、土地征用及拆迁补偿费。
（四）对同一类事项，应当采取相同的会计政策或处理方法。会计核算与税务处理规定不一致的，以税务处理规定为准。
（五）对于分期开发的房地产项目，各期成本费用的归集分配方式应保持一致；如未保持一致的，应根据有关规定作相应调整。
第二十九条 审核取得土地使用权所支付的金额和土地征用及拆迁补偿费时应当重点关注：
（一）同一宗土地有多个开发项目，是否予以分摊，分摊办法是否合理、合规，具体金额的计算是否正确。
（二）土地出让金是否按照以下方式分摊：国有土地使用权出让合同或其补充协议注明，地下部分不缴纳土地出让金或者地上部分与地下部分分别缴纳土地出让金的，土地出让金应直接归集到对应的受益对象（地上部分或地下部分）。
（三）是否存在将房地产开发费用记入取得土地使用权所支付的金额、土地征用及拆迁补偿费的情形。
（四）拆迁补偿费是否实际发生，尤其是支付给个人的拆迁补偿款、拆迁（回迁）合同和签收花名册或签收凭证是否一一对应。
（五）纳税人为取得土地使用权，按照出让合同约定或政府文件要求，在项目规划用地外建设的公共设施或其他工程发生的支出，是否符合出让合同约定或政府文件要求。
第三十条 审核前期工程费、基础设施费时应当重点关注：
（一）前期工程费、基础设施费是否真实发生，是否存在虚列情形。
（二）是否将房地产开发费用记入前期工程费、基础设施费。
（三）多个（或分期）项目共同发生的前期工程费、基础设施费，是否按项目合理分摊。
第三十一条 审核公共配套设施费时应当重点关注：
（一）公共配套设施的界定是否准确，公共配套设施费是否真实发生，有无预提的公共配套设施费的情况。
（二）是否将房地产开发费用记入公共配套设施费。
（三）多个（或分期）项目共同发生的公共配套设施费，是否按项目合理分摊。
（四）利用地下人防设施建造的车位，是否按照以下方式处理：建成后产权属于全体业主所有或无偿移交给政府的，其成本、费用予以扣除；有偿转让且能办理权属转移登记手续的，应计算收入，并准予扣除成本、费用；不能办理权属转移登记手续的，不计算收入，不予扣除相应成本、费用。
不能办理权属转移登记手续的人防车位，其建筑面积按照人防设施竣工验收备案文件确定，其不予扣除的成本按照建筑面积比例在不含室内（外）装修费用的建筑安装工程费中计算。
第三十二条 审核建筑安装工程费时应当重点关注：
（一）发生的费用是否与建安发票、工程施工合同及补充协议、工程结算报告记载的内容相符。
（二）建筑安装服务增值税发票是否在备注注明建筑服务发生地县（市、区）名称及备案的项目名称。
第三十三条 审核开发间接费用时应当重点关注：
（一）是否存在将企业行政管理部门（总部）为组织和管理生产经营活动而发生的管理费用记入开发间接费用的情形。
（二）开发间接费用是否真实发生，有无预提开发间接费用的情况，取得的凭证是否合法有效。
第三十四条 审核利息支出时应当重点关注：
（一）是否将利息支出从房地产开发成本中调整至房地产开发费用。
（二）分期开发项目或者同时开发多个项目的，其取得的一般性贷款的利息支出，是否按照项目合理分摊。
（三）利用闲置专项借款对外投资取得收益，其收益是否冲减利息支出。
（四）是否将向金融机构支付的顾问费、手续费、咨询费等非利息性质的费用计入利息支出。
（五）金融机构及商业银行同类同期贷款利率是否按照以下方式处理：金融机构是否取得中国人民银行、中国银行保险监督管理委员会、中国证券监督管理委员会、省级金融主管部门批准经营贷款业务；商业银行同类同期贷款利率是指在贷款期限、贷款金额、贷款担保以及企业信誉等基本条件相同下商业银行提供贷款的利率。
第三十五条 代收费用的审核。
对于县级以上人民政府要求房地产开发企业在售房时代收的各项费用，审核其代收费用是否计入房价并向购买方一并收取；当代收费用计入房价时，审核有无将代收费用计入加计扣除以及房地产开发费用计算基数的情形。
第三十六条 关联方交易行为的审核。
在审核收入和扣除项目时，应重点关注关联企业交易是否按照公允价值和营业常规进行业务往来。
应当关注企业大额往来款余额，审核交易行为是否真实。
第三十七条 与转让房地产有关税金的审核。
应当确认与转让房地产有关税金及附加扣除的范围是否符合税收有关规定。根据会计制度规定，纳税人缴纳的印花税列入“管理费用”科目核算的，按照房地产开发费用的有关规定扣除，列入“税金及附加”科目核算的，计入“与转让房地产有关税金”予以扣除。纳税人缴纳的地方教育附加可计入“与转让房地产有关税金”予以扣除。对不属于清算范围或者不属于转让房地产时发生的税金及附加，不应作为清算扣除项目。
第三十八条 主管税务机关应在项目清算受理之日起180日内作出清算结论；如确有困难的，经县（区）级税务局批准，可延期90日完成；如有特殊情况的，经地级以上市税务局批准，可再延期90日完成，并书面告知纳税人。
第三十九条 土地增值税清算审核结束，主管税务机关应当将审核结果书面通知纳税人，纳税人应在收到通知书之日起30日内办理补（退）税事宜。
第六章 核定征收
第四十条 在土地增值税清算过程中，发现纳税人有下列情形之一的，可按核定方式对房地产项目进行清算。
（一）依照法律、行政法规的规定应当设置但未设置账簿的；
（二）擅自销毁账簿或者拒不提供纳税资料的；
（三）虽设置账簿，但账目混乱或者成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不全，难以确定转让收入或扣除项目金额的；
（四）符合土地增值税清算条件，未按照规定的期限办理清算手续，经税务机关责令限期清算，逾期仍不清算的；
（五）申报的计税依据明显偏低，又无正当理由的。
主管税务机关应加强核定征收项目的调查核实，严格控制核定征收的范围，纳税人直接转让国有土地使用权的，原则上不得核定征收。实施核定征收的项目，须经上一级税务机关核准。
第四十一条 符合上述核定征收条件的，由主管税务机关发出核定征收的税务事项通知书，开展土地增值税核定征收核查，通过向国土部门查询项目土地价格、参照当地扣除项目金额标准、同期同类型房地产销售价格等对项目情况进行评估计算，核定应纳税额。按照上述方式无法核定应纳税额的，可采取核定征收率方式核定征收。主管税务机关会同项目清算审核组集体审议后，确定核定征收结论，发出清算审核结论通知书，通知纳税人申报缴纳应补缴税款或办理退税。核定征收情况应报上一级税务机关备案。
第七章 清算后尾盘管理
第四十二条 在土地增值税清算时未转让的房地产，清算后再转让的，纳税人应按月汇总，并在次月15日内申报缴纳土地增值税。
第四十三条 土地增值税清算审核期间转让房地产的，按规定预征土地增值税，待税务机关出具清算结论后，纳税人按照清算后再转让的规定汇总申报缴纳土地增值税，多退少补。
第四十四条 主管税务机关应加强清算后尾盘管理，辅导纳税人及时、准确进行尾盘申报。
第八章 法律责任
第四十五条 应进行土地增值税清算的纳税人或经主管税务机关确定进行清算的纳税人，未按照规定报送涉税资料或者办理清算手续的，经主管税务机关责令限期改正，逾期仍不改正的；提供虚假清算资料、擅自销毁账簿或者拒不提供纳税资料的，由主管税务机关按照《中华人民共和国税收征收管理法》处罚，移交税务稽查部门处理，纳入纳税信用评价管理。
第四十六条 对涉税专业服务机构和从事涉税服务人员出具虚假报告或涉税文书的，按照国家税务总局关于涉税专业服务监管的相关规定处理。
对会计人员伪造、变造会计凭证、会计账簿，编制虚假财务会计报告的，主管税务机关应按照《中华人民共和国会计法》《中华人民共和国注册会计师法》等有关规定，交由其行政监管部门处理。
对造价工程师签署有虚假记载、误导性陈述的工程造价成果文件的，主管税务机关应按照《注册造价工程师管理办法》有关规定，交由其行政监管部门处理。
第四十七条 主管税务机关基于纳税人提供的资料出具土地增值税清算审核结论后，如税务稽查、审计、财政等部门检查发现纳税人仍存在税收违法行为，按照《中华人民共和国税收征收管理法》及其实施细则有关规定追缴其未缴或者少缴的税款、滞纳金，并追究其法律责任。
第四十八条 在土地增值税清算工作中，税务人员徇私舞弊、玩忽职守，造成不征或者少征应征税款的，按照相关法律法规规定处理。
第四十九条 纳税人对税务机关清算审核结论不服的，按照要求缴纳或者解缴税款及滞纳金或者提供相应的担保，然后可以依法申请行政复议；对行政复议决定不服的，可依法向人民法院提起行政诉讼。
第九章 附则
第五十条 土地增值税清算资料应按照档案化管理的要求，妥善保存。
第五十一条 各地级以上市、珠海市横琴新区税务局可根据本规程制定操作指引，并报国家税务总局广东省税务局备案。
第五十二条 本规程由国家税务总局广东省税务局解释。
第五十三条 本规程自2019年7月1日起施行。
附件:
1.《国家税务总局广东省税务局土地增值税清算管理规程》相关附表
2.《国家税务总局广东省税务局土地增值税清算管理规程》相关文书
关于《国家税务总局广东省税务局土地增值税清算管理规程》的解读
现将《国家税务总局广东省税务局土地增值税清算管理规程》(以下简称《规程》)主要内容解读如下：
一、关于“集中清算、分段审核”工作模式
为使土地增值税清算审核更加公平、公正、公开，保障纳税人合法权益，《规程》第十条至第十五条明确税务机关采取“集中清算、分段审核”方式开展清算工作，即县（区）级以上税务机关集中清算项目、集中人才，成立清算审核组，内设收入审核和成本审核等若干小组，按照统一流程和审核指引，对收入、成本、费用等进行专业审核，形成标准化、模板化、流程化的清算审核工作闭环。
二、关于项目日常管理
《规程》强化部门信息共享，税务机关已通过政府部门信息共享获取项目资料的，无需纳税人报送，暂未实现政府部门信息共享的，由纳税人在取得相关资料30日内通过土地增值税管理系统报送。纳税人足不出户可完成报送事宜，减轻纳税人资料报送负担。
三、关于清算单位界定
分期开发的房地产项目，以分期项目为单位清算，这是基本原则。如何对项目进行分期，需要根据各地房地产主管部门管理现状，具体情况具体分析，所以《规程》规定“具体结合项目立项、用地规划、方案设计审查（修建性详细规划）、工程规划、销售（预售）、竣工验收等确定”。
四、关于扣除项目金额标准适用情形和核定程序
房地产开发项目的前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、开发间接费用，应凭合法有效凭证据实扣除。凭证资料不符合清算要求或不实的，可采取核定方式计算扣除。《规程》明确了具体核定程序以及凭证资料不符合清算要求或不实的具体情形。
五、关于成本费用分摊
《规程》第二十八条明确了同一清算单位内发生的成本、费用如何分摊，即同一清算单位内发生的成本、费用，能按照受益对象直接归集的，按照直接成本法计入相应房地产类型扣除；不能按照受益对象直接归集的成本、费用，原则上按照不同类型房地产可售建筑面积比例计算分摊；对占地相对独立的不同类型房地产，可按占地面积法计算分摊取得土地使用权所支付的金额、土地征用及拆迁补偿费。
《规程》第二十九条明确了地上部分与地下部分土地成本分摊的方法，即国有土地使用权出让合同或其补充协议注明，地下部分不缴纳土地出让金或者地上部分与地下部分分别缴纳土地出让金的，土地出让金应直接归集到对应的受益对象（地上部分或地下部分）。
六、关于人防车位收入、成本、费用处理
针对利用地下人防设施建造的车位，《规程》第三十一条就其收入、成本、费用处理给予明确，即建成后产权属于全体业主所有或无偿移交给政府的，其成本、费用予以扣除；有偿转让且能办理权属转移登记手续的，应计算收入，并准予扣除成本、费用；不能办理权属转移登记手续的，不计算收入，不予扣除相应成本、费用。不能办理权属转移登记手续的人防车位，其建筑面积按照人防设施竣工验收备案文件确定，其不予扣除的成本按照建筑面积比例在不含室内（外）装修费用的建筑安装工程费中计算。
七、清算后尾盘管理
《规程》第七章就规范尾盘管理提出了要求，即土地增值税清算审核期间转让房地产的，按规定预征土地增值税，待税务机关出具清算结论后，纳税人按照清算后再转让的规定汇总申报缴纳土地增值税，多退少补。清算后再转让的，纳税人应按月汇总，并在次月15日内申报缴纳土地增值税。
